En 1577, Philippe II, roi d’Espagne et frère naturel de Don Juan désigna celui-ci gouverneur des dix-sept provinces des Pays-Bas.
Son rôle était de combattre les états généraux de Guillaume d’Orange, de rétablir l’autorité du roi d’Espagne et surtout de préserver la religion catholique contre les protestants.

En juillet 1577, il se rendit à Namur pour y rencontrer la « Reine Margot » et il profita de cette occasion pour prendre la citadelle. Il repoussa ensuite les états généraux vers Gembloux, d’où il revint victorieux. La Belgique et la Hollande étaient nées ; il se retira alors à Bouge où il décéda du typhus en septembre 1578.
La rencontre de Don Juan d'Autriche et de la Reine Margot sur l'île de La Plante (Namur) donna naissance à la légende d'Ophélie.